Foram estudados as características hidroquímicas e associações de diatomáceas em 3 estações das lagunas de Albufeira e Santo André. Em ambas, as diatomáceas são típicas de ambientes alcalinos, maioritariamente bentónicas, polihalinas e mesohalinas, registando-se algumas espécies epifíticas (nas margens). Apesar das associações serem distintas nas duas lagunas, estas reflectem as principais características físicas (profundidade) e hidroquímicas (pH e salinidade) próprias de cada ambiente.